Od 4 kwietnia 2012 r. uprawnienia organów podatkowych mają szefowie następujących służb:

  • Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego,
  • Agencji Wywiadu,
  • Centralnego Biura Antykorupcyjnego,
  • Służby Kontrwywiadu Wojskowego,
  • Służby Wywiadu Wojskowego.

Od tego bowiem dnia obowiązuje rozporządzenie Rady Ministrów z 23 marca 2012 r. w sprawie nadania uprawnień organów podatkowych (Dz.U. z 3 kwietnia 2012 r. poz. 363).

Celem rozporządzenia jest zapewnienie w postępowaniu podatkowym szczególnej ochrony danych dotyczących osób realizujących w ramach zakresu działania tych organów objęte ochroną informacji niejawnych zadania związane z zapewnieniem bezpieczeństwa państwa. Wymóg szczególnej ochrony danych tej kategorii osób wynika zarówno z ustawy z 5 sierpnia 2010 r. o ochronie informacji niejawnych, jak i z przepisów ustaw regulujących działanie tych organów.

Szefowie wymienionych służb obejmują uprawnienia naczelnika urzędu skarbowego oraz dyrektora izby skarbowej w stosunku do uzyskanych od tych organów przychodów ze stosunku służbowego, stosunku pracy lub z działalności wykonywanej osobiście podlegających opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych na ogólnych zasadach, tj. przy zastosowaniu skali podatkowej.

Organy te zyskały m.in. prawo do weryfikacji prawidłowości rozliczeń w ramach postępowania podatkowego oraz przeprowadzania czynności sprawdzających, kontroli podatkowej i trybów nadzwyczajnych decyzji ostatecznych w zakresie podatku dochodowego od uzyskanych od tych organów przychodów z tytułu stosunku służbowego, stosunku pracy oraz działalności wykonywanej osobiście. W ich gestii jest również m.in. wydawanie zaświadczeń w zakresie wskazanego wyżej podatku, a także stwierdzanie nadpłat.